Het EJN (in strafzaken) heeft tot doel om de justitiële samenwerking in strafzaken te vergemakkelijken door juridisch en praktisch advies te verstrekken en door rechtstreekse contacten te helpen leggen tussen de bevoegde nationale autoriteiten. De contactpunten van het EJN zijn ook betrokken bij opleidingssessies betreffende justitiële samenwerking in strafzaken en bevorderen de organisatie daarvan.
De website van het EJN (in strafzaken) biedt e-tools om de samenwerking te vergemakkelijken alsook andere praktische informatie, onder meer over samenwerking met landen en justitiële netwerken buiten de EU.
Het EJN (in strafzaken) wordt beheerd door een secretariaat dat bij Eurojust in Den Haag is ondergebracht. Het huidige hoofd van het EJN-secretariaat is de heer Ola Löfgren.